หลักการออกแบบระบบ NDID เป็นแบบ Data Security and Privacy by Design ซึ่งเป็นบริการที่มีความปลอดภัยสูง ด้วยการเข้ารหัสในการรับส่งข้อมูล และจะไม่มีการรเก็บรวบรวมข้อมูล ดังนั้น ข้อมูลจะยังคงอยู่กับหน่วยงานที่เป็นผู้ดูแลข้อมูลและให้บริการลูกค้า
ระบบถูกออกแบบภายใต้แนวคิด Decentralized ด้วยเทคโนโลยี Blockchain ซึ่งผู้ดูแลระบบ (บริษัท เนชั่นแนลดิจิทัล ไอดี จำกัด) จะไม่สามารถเห็นข้อมูลใดๆ ของคุณ NDID จึงปลอดภัยกว่าเดิมมาก เมื่อเทียบกับวิธีการใช้เอกสารสำเนาในการสมัครบริการต่างๆ ที่พบเห็นได้ทั่วไปในปัจจุบัน
ทั้งนี้ NDID หรือ บริษัท เนชั่นแนลดิจิทัลไอดี จำกัด เกิดจากการที่ภาครัฐได้ให้ความสำคัญของการใช้เทคโนโลยีดิจิทัลมาประยุกต์ใช้กับการให้บริการประชาชน และภาคธุรกิจให้มีประสิทธิภาพในเการพัฒนาระบบการพิสูจน์และยืนยันตัวตนบนโลกดิจิทัล กระทรวงการคลัง และกระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม จึงเข้ามามีบทบาทสำคัญในการจัดตั้งคณะกรรมการ และคณะทำงานขึ้นมา เพื่อให้การดำเนินงานสำเร็จลุล่วง ต่อมาจึงได้มีการตั้งบริษัท เนชั่นแนลดิจิทัลไอดี จำกัด ขึ้น เพื่อรับช่วงต่อให้การดำเนินงานพัฒนาระบบ NDID ดำเนินต่อไปได้อย่างต่อเนื่อง และมีประสิทธิภาพ